Kaikille yhteinen peruskoulu säädettiin presidentti Urho Kekkosen allekirjoituksella vuonna 1968.

Uudistus tuli voimaan askeleittain Lapin läänistä etelään päin edeten. Uudistus oli hallinnon vuoksi helpoin toteuttaa pienissä kunnissa, jossa kansakoulun rinnalla ei ollut kulkenut oppikoulujärjestelmää.

Cygnaeuksen koulussa ensimmäisiä peruskoululuokkia olivat 1.- ja 3.-luokat.

Toisen maailmansodan jälkeen keskustelu rinnakkaiskoulujärjestelmän toimimattomuudesta kiihtyi. Kesti kuitenkin aina 1960-luvun lopulle saakka, ennen kuin aika oli valmis todellisen kansakoulun eli peruskoulun synnylle.

Peruskoulu alkoi Cygnaeuksen koulun tiloissa 1. luokalla vuonna 1970. Koko koulu vaihtui peruskouluksi lukuvuoden 1972 alussa.

Peruskoulun tulo vaikutti merkittävästi Cygnaeuksen kouluun 1970-luvulla, kun kansakoulu, kansalaiskoulu ja keskikoulu yhdistyivät ylä- ja ala-asteeksi.

Yläaste muodostettiin useista eri kouluista ja se aloitti toimintansa hajautetusti useissa rakennuksissa ennen vakiintumistaan Cygnaeuksen tiloihin.

Uudistus toi mukanaan haasteita oppilaskäyttäytymisen, suurten ryhmäkokojen ja koulun järjestyksen hallinnassa. Opettajat joutuivat pohtimaan keinoja vastata käytösongelmiin ja ylläpitää työhyvinvointiaan muun muassa vertaistuen avulla

Peruskoulu toi kouluun musiikkiluokat sekä kieltenopetuksen. Lisäksi koulu pyrki tarjoamaan monipuolista opetusta ja kerhotoimintaa sekä vahvistamaan kodin ja koulun välistä yhteistyötä.

Timo aloitti Cygnaeuksen koulussa 1. luokan vuonna 1966 ja kävi koulua siellä noin viidenteen luokkaan saakka. Hän muistelee:

"Paras muisto Cynkkarin ajoilta on musiikin opettajani Risto Forsten. Hän oli hyvin kannustava opettaja, varsinkin jos huomasi jonkun oppilaan olevan musikaalinen. Itse ilmeisesti kuuluin noihin oppilaisiin, koska hän testasi taitojani monilla keinoilla. Jouduin esimerkiksi suorittamaan laulukokeet kaksi kertaa. Tuolloin laulukokeet suoritettiin aina kahdessa ryhmässä, tytöt ja pojat erikseen. Minä jouduin laulamaan siis kummassakin ryhmässä.

Kun Risto oli opettajani viimeistä Cynkkari-vuottani, niin hän suositteli hakeutumaan musiikkiopintoihin Jyväskylän konservatorioon, joka tuolloin sijaitsi Gummeruksenkadulla. Hän kovasti mietti, millä soittimella pääsisin parhaiten sisään. Sitten hän päätti, että trumpetti olisi minulle paras vaihtoehto. Varmistuakseen asiasta hän vielä halusi tarkastaa hampaani koulun käytävällä. Tarkastuksen tehtyään hän tokaisi: "Hyvin on tasaiset etuhampaat. Kyllä trumpetti on hyvä soitin sinulle ja sisään pääset varmasti."

1980-luvun alussa Syrjälän yläaste lakkautettiin oppilasmäärien vähentyessä. Syrjälän viimeiset toimintavuodet sujuivat pääosin normaalissa koulutyön merkeissä, ja erityisesti luokkaretket olivat oppilaille mieleen. Kouluun kohdistui myös ilkivaltaa, ja osa asiakirjoista katosi murrossa.

Cygnaeuksen ala-asteella vanhempien kanssa tehtävää yhteistyötä kehitettiin muun muassa kouluneuvoston, teemapäivien ja tunneviikkojen avulla. Oppilaat osallistuivat aktiivisesti myös musiikkitoimintaan, kirpputoreihin ja leirikouluhankkeisiin, joiden avulla rahoitettiin retkiä ja yhteisiä tapahtumia. Musiikkiluokista kehittyi Vox aurea -kuoro.

Peruskoululaki tarkensi kodin ja koulun välistä yhteistyötä. Se näkyi elävästi Cygnaeuksen koulun arjessa.

"TIEDÄTTEKÖ, että Cygnaeuksen koululla on vireää koulun ja kodin yhteistyötä. Suuri eri luokkien yhteinen hanke on joulumyyjäisten ja kirpputorin pystyttäminen, joka laajenee tänä vuonna joulumessuiksi. 

Otamme vastaan jatkuvasti esim. kirpputorilahjoituksia, kuolinpesiä, liikkeiden poistoeriä ym. Kaikki ehjä, vanhakin tavara kelpaa, esim. kirjat, lelut, huonekalut, lasten- ym. vaatteet, urheiluvälineet jne. Soitto koululle puh 294 334 tai 732 390 (Mutanen), niin haemme kotoa.

Koulullamme toimii myös Cygnaeuksen leirikoulun kannatusyhdistys, jonka tavoitteena on mm. kustantaa yksi luokka viikon leirikoulumatkalle Islantiin. Tämänkin lehden tuotto käytetään lyhentämättä oppilaiden virkistystoimintaan. Kiitokset kannatuksesta."

Lähde: Koulukärpänen 1985

"Meidän luokka on usein välituntisin yhdessä. Nykyään luokan kesken on muotileikkinä Eeva ja Aatami. Muita leikkejä on esimerkiksi hippa. Olemme myös pukilla ja karusellissa. Joskus menemme valleille tai tangoille. Keväisin ja syksyisin hyppään ruutua tai narua. 

Kaikki eivät ota toisia mukaan leikkiin. Näin kävi esimerkiksi, kun pari tyttö leikki valokuvaajaa. Se on muuten mukavimpia tuntemiani leikkejä. Pidän myös pukkitappelusta. Joskus keinumme välituntisin. Muita muoteja ovat taputusleikit. Pidän kaikista leikeistä."

Lähde: Koulukärpänen 1987, Anni Kankainen, 3 b

Opettaja Ermo Mutanen toteutti oppilaslähtöistä ja toiminnallista opetusta. Hän toimi Cygnaeuksen koululla aktiivisena kotien aktivoijana ja oppillaiden vastuuttajana.

Mutanen keräsi luokkansa kanssa vuosittain varat leirikouluun. Hän sai luvan kokeilla kirjatonta ja arvosanatonta opetusta luokkiensa kanssa.

Mutanen oli pidetty opettaja, jonka oppilaat oppivat oma-aloitteisuutta ja vastuullisuutta.

1990-luvulla Cygnaeuksen koulussa monikulttuuristuminen näkyi erityisesti kieliopetuksen laajentumisena ja tukitoimina maahanmuuttajataustaisille oppilaille, kuten erillisluokkina ja kaksikielisyysryhminä. Kansainvälisyyttä vahvistettiin myös kouluyhteistyöllä eri maiden kanssa, leirikouluilla ja kulttuurivaihto-ohjelmilla.

Koulussa painotettiin kansainvälisyyden lisäksi musiikkia ja ympäristökasvatusta, ja koulu laati strategisen suunnitelman näiden kehittämiseksi myös laman oloissa. Koulun toimintaa monipuolistivat oma tiedotuslehti, runsas kerhotoiminta ja yhteistyö kristillisen koulun kanssa sekä aktiiviset toimet liikenneturvallisuuden ja viihtyisyyden parantamiseksi.

Suunnitelma koulun korvaamisesta Normaalikoululla herätti voimakasta vastustusta, eikä se lopulta toteutunut, vaan koulukeskuksen peruskorjaus todettiin tarkoituksenmukaisemmaksi ratkaisuksi.

"Koulun portaat ovat raskaat ja isot on hauskaa mennä topulle." Maria 1a

"Ope on kiva. Tykkään joskus liikunnasta. En käy yleensä wc:ssä. En tykkää matematiikasta. Ruoka on joskus pahaa joskus se on hyvää. Inhoan musaa joskus tykkään siitä." Jyri P

Lähde: Pinkki, s. 3

Perusopetuslaki vuodelta 1998 teki peruskoulusta yhtenäisen ja poisti sen jaon ala- ja yläasteeseen. Tämän jälkeen yleisesti alettiin puhumaan ala- ja yläkoulusta, mikäli vanhastaan tuttu jako 1-6 ja 7-9 luokkiin oli koulussa voimassa.

Cygnaeuksen koulun kannalta keskeistä oli se, että lainsäädäntö huomioi oikeuden oman äidinkielen opetukseen. Cygnaeuksen kouluun oli keskitetty Jyväskylän kieltenopetus.

Laki vahvisti myös oikeutta perustaa ja ylläpitää yksityisiä kouluja.

Koulun oppilasmäärä supistui noin sataan 2000-luvulla, mistä huolimatta sen kieliopetus oli kaupungin laajinta.

Vanha päärakennus säilyi lisääntyvistä sisäilmavalituksista huolimatta koulukäytössä 2000-luvun puoliväliin saakka. Viimeisiä rakennuksen käyttäjiä olivat Viitaniemen koulun oppilaat ollessaan siellä remonttiväistössä lukuvuonna 2006-2007.

Uusi siipirakennus remontoitiin väistörakennukseksi vielä vuonna 2005, minkä jälkeen siellä ja pihaan tuoduissa parakkirakennuksissa opiskelivat ensin Vaajakosken ja sitten Huhtaharjun oppilaat.

Jyväskylän kristillinen koulu muutti tiloihin tämän jälkeen vuonna 2015 ja puolet tilasta varattiin Cygnaeuksen päväkodin toiminnalle.

2020-luvun alkupuolella Jyväskylän kaupungin tarve kunnostaa Cygnaeuksen koulun arvokiinteistö kohtasi Jyväskylän kristillisen koulun haaveen saada pitkäaikainen koulutila käyttöön.

Kiinteistö kunnostettiin vuosien 2023–2025 aikana niin, että yksityinen Jyväskylän Kristillinen koulu pääsi muuttamaan sinne talviloman 2025 aikana. Koulutyö aloitettiin uudelleen rakennuksen satavuotisen historian merkkivuotena.

Rehtori Petteri Muotka uskoi Keskisuomalaisen haastattelussa (27.2.2025) Uno Cygnaeuksen arvomaailman näkyvän uuden koulun tilaratkaisuissa ja kristillisen koulun arvopohjassa:

"Pidämme hienona asiana hänellekin merkityksellisiä kristillisiä arvoja. Cygnaeuksen pedagogiassahan myös kädentaidot sekä musiikki ja liikunta olivat tärkeitä akateemisuuden ohella."